応仁の乱から戦国時代へ。先の見えない不安が世の中を覆っていた時代に、“なぜ生きる”の答えに命を懸けた男たちがいた……。歴史アニメ「なぜ生きる——蓮如上人と吉崎炎上」は、シリーズ100万部突破の大ベストセラー書籍『なぜ生きる』の映画版である。800年前に、親鸞聖人によって明らかにされた浄土真宗が、なぜ蓮如上人の時代に、爆発的に日本中へ広まったのか。信長、秀吉、家康を恐れさせるほどの団結力は、どこから生まれたのか。その謎を解く鍵こそ、1474年に起きた吉崎炎上である。“なぜ生きる”という問いかけは、大災害やテロにおびえ、子育てや介護などに悩む現代の私たちにとっても、切迫した問題である。全ての人を生き苦しさから解き放つ“なぜ生きる”の答えとは！

不遇を嘆き、寺や坊主を嫌っていた青年・了顕は、もうすぐ生まれてくる子供に希望を託していた。不幸な事故が、そんな了顕から全てを奪い去ってしまう。自暴自棄の日々、暗闇にもがき苦しんでいた了顕が出会うのは、蓮如上人の法話であった。そこには、親鸞聖人が明らかにした“なぜ生きる”の答えが示されていた。次第に引き込まれ、心の迷いが晴れた了顕は、蓮如上人の弟子となる。参詣者が増える一方の本願寺は、他宗派からの恨みを買い、蓮如上人と了顕たちは京都を追われ、新たな布教の地を求め、北陸の吉崎（福井）にたどり着いた……。